• предупредительные меры  – информирование налогоплательщиков (налоговых агентов) о наступлении сроков представления налоговых форм, уплаты налогов и платежей в бюджет, налоговой регистрации и (или) необходимости исполнения иных налоговых обязательств.
• контрольные меры – проведения камерального контроля, контроля выписки электронных счетов-фактур, налогового контроля и прочих форм контроля (ст. 93)

Упрощенный порядок возврата суммы превышения НДС заключается в осуществлении возврата суммы превышения налога с применением СНУР без проведения налоговой проверки. Возврат налога производится в течение 15 рабочих дней, следующих за днем представления требования о возврате (ст. 127) .
Сопоставительный и автоматизированный контроль ЭСФ
Налоговые органы будут проверять ЭСФ, чтобы не допустить их выписки компаниями с высоким риском нарушений.
Контроль будет двух видов:

• автоматизированный – проверка проходит в автоматическом режиме через систему налогового органа (ст. 139–140 НК РК-2026);
• сопоставительный – проверка путем сравнения данных.

Автоматизированный контроль – это автоматическая проверка и присвоение регистрационного номера ЭСФ в системе налогового органа.
При присвоении номера учитываются данные по НДС на специальном налоговом счете плательщика.
Оператор автоматизированного контроля – это назначенное государством юридическое лицо, которое:

1. ведет учет баланса НДС на налоговом счете;
2. хранит деньги плательщика, внесенные для обеспечения выписки ЭСФ;
3. перечисляет эти деньги в бюджет, если они использованы для выписки ЭСФ;
4. возвращает неиспользованные деньги.

Уполномоченный орган устанавливает правила автоматизированного контроля, в которых описано:

1. как вести налоговый счет и учитывать баланс НДС;
2. как пополнять счет;
3. как перечислять деньги в бюджет;
4. как и в какие сроки возвращать деньги;
5. как долго проводится контроль.

Система налогового органа рассчитывает баланс НДС по формуле:
Баланс (Б) = НДС₁ + НДС₂ + НДС₃ + НДС₄ – НДС₅ – НДС₆,
где:

• НДС₁ – сумма НДС в ЭСФ, полученных плательщиком;
• НДС₂ – НДС, уплаченный при импорте;
• НДС₃ – НДС, уплаченный при покупке работ/услуг у нерезидента;
• НДС₄ – НДС по товарам и работам, приобретённым до регистрации по НДС;
• НДС₅ – НДС в ЭСФ, которые сам выписал плательщик;
• НДС₆ – НДС при снятии с учета по остаткам товаров.

Если сумма НДС в новом ЭСФ не превышает балансовую сумму, то ЭСФ получает регистрационный номер автоматически.
Если номер не присвоен – ЭСФ считается невыписанным .
Чтобы увеличить баланс, можно внести свои деньги на налоговый счёт.
Неиспользованные деньги можно вернуть по заявлению – в течение 1 рабочего дня. Если заявление не подано, средства переносятся на следующий период.

• Деньги, которые были использованы для выписки ЭСФ, по окончании налогового периода идут в зачет уплаты налога.